Fue fundado el 14 de mayo de 1899 en Montevideo, por iniciativa de jóvenes estudiantes de la época, con la intención de consolidar una institución de fútbol para uruguayos criollos frente al predominio de clubes y practicantes extranjeros europeos de este deporte, particularmente ingleses y alemanes, camiseta lamelo ball siendo considerado así el «primer equipo criollo» del país y uno de los primeros clubes fundados por nacionales en América. Desde que se demolió el pabellón Raimundo Saporta en la Castellana (ubicada en la antigua Ciudad Deportiva), el Madrid se ha ejercitado en el polideportivo de la Ciudad del fútbol de Las Rozas y, desde 2009, en el Valle de las Cañas, donde sí logró convertir la instalación en centro de entrenamiento para todas las categorías, camiseta dennis rodman pero sin residencia.